La première préfecture est aménagée en 1800 dans l'ancien couvent des Cordeliers (place du Temple). L'actuel hôtel préfectoral est construit 1828 par l'architecte Pierre-Théophile Segrétain sur l'emplacement du jardin botanique créé trente ans plus tôt.

L'hôtel de la préfecture ouvre chaque année ses portes au public à l'occasion des Journées du patrimoine.

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