Le conseil municipal enfants se réunit en session plénière une fois par trimestre.
En dehors de cette plénière, le travail effectué par les élus du conseil municipal enfants se poursuit en commissions qui se mettent en place quelque temps après les élections. Le nombre de commissions varie en fonction des projets auxquels veulent participer les jeunes élus. Ce sont les enfants qui choisissent leurs thèmes de travail en fonction de projets qu'ils ont envie de mener (le racisme, le handicap, la solidarité, la sécurité, la propreté en ville,...). Certaines pistes de réflexion sont lancées par la municipalité et ils ont la possibilité d'y adhérer ou non. Les commissions sont constituées sous réserve des possibilités de réalisation des projets.
Les élus du conseil municipal enfants travaillent avec plusieurs partenaires qui les aident et les soutiennent dans leurs projets:
- les services municipaux: l'ensemble des services municipaux participe à la réalisation des projets menés dans le cadre de leurs compétences respectives et une personne en particulier est chargée de l'accueil des élus en commissions et du suivi de leur travail.
- les associations niortaises sont sollicitées par les différentes commissions et agissent en soutien
- les artistes locaux participent à la réalisation de certains projets en particulier
