Depuis 2008, la gestion responsable des espaces verts publics (ou gestion différenciée) est pratiquée à titre expérimental à Niort, dans les quartiers Nord et Saint-Pézenne et dans un quart du centre-ville. Des méthodes plus respectueuses de l'environnement (désherbage thermique, paillage avec des copeaux de bois...) sont également utilisées.

En 2010 et 2011, pour mieux connaître son patrimoine naturel et préserver la faune et la flore, la Ville de Niort a procédé à un inventaire de la biodiversité sur son territoire, qui a révélé la présence d’une grande diversité d'espèces.

Dès le début 2011, elle s'est engagée dans la lutte contre le frelon asiatique, espèce invasive qui s’attaque aux abeilles et menace la pollinisation.

En 2012, elle a été l'une des premières communes de la région à identifier et à cartographier sa Trame verte et bleue.